Съемка со вспышкой - отдельная песня, чтобы заставить ее работать как заполняющую надо хорошо разобраться в алгоритме по которому она отрабатывает. Для сапопа эта система довольно хорошо расписана, насчет Никона - не искал, не знаю. В любом случае, внешняя вспышка дает гораздо большую свободу в ее применении, чем встроенная.
Не совсем уловил связь между фокусировкой и срабатыванием вспышки. Если снимки нерезкие из-за шевеленки на длинной выдержке - поднимай ИСО, если автофокус промахивается - надо разбираться почему именно.